Besluit over de aanleg
Eind jaren '80 werd er op initiatief van D66 onderzoek naar de haalbaarheid van een Noord-Zuidlijn gedaan. Uiteindelijk resulteerde dit in een raadsbesluit op 27 november 1996, waarna een volksraadplegend referendum plaatsvond op 25 juni 1997. Voor het referendum kwamen 123.198 stemmers opdagen, waarvan 79.861 (64,8%) tegen de komst van de lijn stemden; 42.961 kiezers stemden vóór aanleg. De uitslag werd niet als bindend erkend, omdat het aantal nee-stemmers volgens de referendumverordening groter had moeten zijn dan de helft + 1 van het aantal stemmers bij de laatste gemeenteraadsverkiezing. In oktober 1999 stemde de Tweede Kamer in met de aanleg van de Noord/Zuidlijn.

Wethouder Geert Dales
Op 9 oktober 2002 stond wethouder en hoofdverantwoordelijke Geert Dales achter het besluit de Noord/Zuidlijn aan te leggen. De gemeente Amsterdam had net een goedgekeurde subsidie-aanvraag van de Tweede Kamer op zak. Op die bewuste dag stemde de gemeenteraad, met 29 stemmen voor en 14 tegen, in met de nieuwe metrolijn. Enkele (oud-)gemeenteraadsleden hebben Dales aangewezen als een van de hoofdschuldigen die er verantwoordelijk voor zijn dat de kosten zo zijn opgelopen. Hij zou de raad met opzet verkeerd hebben voorgelicht. De oud-wethouder is het daar echter niet mee eens. Dales trad af in 2004.

Wethouder Tjeerd Herrema
Wethouder Tjeerd Herrema begon in april 2006 als wethouder Verkeer en vervoer. Het belangrijkste dossier was het aansturen van het miljoenenproject de Noordzuidlijn. Een taak die bij voorbaat onmogelijk leek. Verzakkingen, kostenoverschrijdingen en oplopende vertragingen. Tijdens een persconferentie in 2009 liet hij weten dat de aanleg van de lijn een enorme last voor de stad is. En dat voor de wethouder een grens is bereikt. Hierop besloot Herrema af te treden. Hij werd opgevolgd door Hans Gerson.

Commissie Veerman
In februari 2009 werd de commissie Veerman ingesteld onder leiding van oud-minister Cees Veerman, om te onderzoeken of en hoe Amsterdam verder moest met de bouw van de Noord/Zuidlijn: helemaal stoppen, deels stoppen of afbouwen. De commissie adviseerde Amsterdam om de metrolijn volledig af te bouwen. Volgens het rapport-Veerman was stoppen geen optie. Dan zou, zo stelde de commissie, tussen de 1,7 en 2 miljard euro voor niets zijn geïnvesteerd.

Raadsenquête
De enquêtecommissie werd op 11 maart 2009 door de gemeenteraad benoemd. Opdracht was om onderzoek te doen naar de voorbereiding, besluitvorming en de uitvoering van de bouw van de Noord/Zuidlijn. Mensen die door de commissie gehoord zijn zijn onder andere ex-minister Tineke Netelenbos, ex-wethouder Geert Dales, ex-wethouder Tjeerd Herrema, Mark van der Horst, Frank Köhler, Duco Stadig en Ernst Bakker. Ook ex-burgemeester Job Cohen werd gehoord. Op 15 december presenteerde de enquêtecommissie haar rapport.

Conclusie: In de gehele uitvoeringsfase worden de problemen bij herhaling vooruit geschoven. Hierdoor ontbreekt het zicht op de werkelijke stand van zaken. In de periode 2005 - 2008 is er sprake van bijstellingen van prognoses en beïnvloeding van de beeldvorming bij de communicatie van financiële prognoses en planningen aan de raad. Dit gebeurt op het niveau van de projectdirectie en dikwijls met medeweten van de portefeuillehouder. Doordat de raad herhaaldelijk tijdens de uitvoeringsfase onrealistische prognoses krijgt van kosten en planningen, kan de raad zijn controlerende taak niet goed uitvoeren. Tegelijkertijd laat de raad na om zich structureel te versterken.


Vertraging met de daarbij komende extra kosten
Volgens de oorspronkelijke plannen zou de Noord/Zuidlijn in 2011 klaar moeten zijn en 1,46 miljard euro kosten. Door tegenvallers is de opleverdatum inmiddels verschoven naar op zijn vroegst 2017 en zijn de kosten gestegen tot ruim 3,1 miljard euro. De vertraging en extra kosten zijn vooral ontstaan door technische tegenslagen in de binnenstad; de aanleg van de diepgelegen stations aan het Rokin, de Vijzelgracht en de Ferdinand Bolstraat kosten fors meer dan begroot. Van de oorspronkelijk begrote 1,46 miljard euro zou Amsterdam 317 miljoen euro voor zijn rekening nemen, het Rijk zou de rest betalen. Inmiddels ligt het bedrag dat voor rekening van de gemeente Amsterdam komt rond de 900 miljoen euro.