Zijn debuut was op 11 augustus 2002. Ajax speelde toen tegen PSV om de Johan Cruijff Schaal en won met 3-1. Met de club won de doelman in totaal vijf landstitels, vier KNVB Bekers en vier keer de Johan Cruijff Schaal. In totaal speelde Stekelenburg 311 wedstrijden voor Ajax 1. 

Stekelenburg speelde ook negen jaar in het buitenland. In 2011 ging hij naar AS Roma. Daarna speelde hij voor Fullham, Monaco, Southampton en de laatste vier jaar bij Everton. Vorig jaar juni besloot Stekelenburg zijn aflopende contract bij Ajax nog met één jaar te verlengen. 

Aankomende zondag om 14.30 uur begint de wedstrijd Ajax - FC Utrecht in de Arena en zal de doelman definitief afscheid nemen.